Zaštita biodiverziteta i očuvanje prirodnih vrijednosti osnovna su funkcija zaštićenih područja. Stoga, Parkovi Dinarida podržavaju aktivnosti dinarskih zaštićenih područja i njihovih regija na zaštiti i očuvanju prirode u skladu sa Konvencijom o biološkom divezitetu (CBD), kao i njihovoj međusobnoj povezanosti preko uspostavljanja ekološke mreže prekograničnih zaštićenih oblasti.

Aktivnosti organizacije uključuju i planiranje, sprovođenje i praćenje mjera zaštite i upravljanja vrstama i staništima, a od posebnog su značaja mreže NATURA 2000 i Emerald. Dinaridi, kao najveći kraški sistem u Evropi sastavljen je od više od 200 planina, sa isto toliko vrhova preko 2 000 metara, 200 prirodnih jezera, 2 200 km riječnih tokova, više od 40 nacionalnih parkova, 19 područja pod UNESCO zaštitom. Takav reljef uslovio je i bogatstvo flore i faune, tako da su Dinaridi centar biodiverziteta od evropskog značaja, predstavljući dom brojnim endemima (u nekim područjima prelazi i 10 % ukupne flore). Brojne su i prirodne šumske zajednice lišćara i četinara, livada i pašnjaka, koje su između ostalog i dom za zaštićene velike zvijeri poput medvjeda, vuka,lisice, risa, jelena.